Falsterbokanalen byggdes under kriget 1939–1941, på grund av att det lades minor runt Falsterbonäset ända in till 4 m djup. Detta gjorde att fartyg inte kunde passera runt näset utan var tvungna att lossa sin last i Trelleborg för att transporteras på järnväg till Malmö där de åter kunde lasta. Det är 16 distansminuter närmare att gå genom kanalen än att gå runt Falsterborev, detta gör att det mindre tonnaget, fiskare och de flesta fritidsbåtar väljer den kortare vägen än idag (2 timmar tidsvinst vid 8 knop).
Det finns också en fritidsbåthamn i kanalen med ca 300 båtplatser. Kanalen ägs av Sjöfartsverket som också äger hamnen. En snabbgående sjöräddningsbåt som kvickt kan bemannas vid sjöräddning finns också stationerad i kanalen. Kustbevakningen har en postering i kanalen för att vid behov snabbt kunna komma både norrut i Öresund eller söderut till Östersjön.